Когда началась Великая Отечественная война, Е.Л. Гутерман был призван в ряды РККА и в августе 1941 г. был назначен начальником военно-санитарного поезда № 204. В этой должности он прослужил вплоть до демобилизации в 1946. Военно-санитарный поезд № 204 являлся одним из лучших в Главном санитарном управлении Красной Армии, ему было вручено Красное Знамя распределительно-эвакуационного пункта 33 (РЭП 33).